这次新型肝炎病毒如何被发现的？mNGS首功！

除此以外的一新型乙型是如何被注意到的？恒遗传组脱氧核糖核糖（mNGS）首当其功！当年SARS，怀疑过变形虫、细细菌、病毒等染病，最后无可奈何了很喜下才注意到是乙型染病。如今mNGS问世，改变了狂犬病细细菌学的临床一新格局！这次从唯病到临床，只有稍短稍短几天两者之间隔时两者之间！前面就非常简单介绍一下mNGS.

最近三十年，组学科学研究依然是热点，最早是动物反馈学，然后是生物科学，如今一新兴组学领域则是被视为最有前景的恒动物反馈学（Metagenomics）。恒动物反馈学（Metagenomics）又叫细细菌生态环境动物反馈学、元动物反馈学，通过直接从生态环境样品之中分离出正因如此部细细菌的DNA或RNA，构建恒遗传组文库，利用动物反馈学的科学研究策略科学研究生态环境样品所包含的正因如此部细细菌的表型都由、群族功能，并可开唯新一重新生理活性化学物质（或获得一新遗传）。

2014年一新英格兰医学杂志另据了一个通过恒遗传组特别设计样品救活了一位诱因不明、每一次两者之间歇性、带有癫痫及脑积水病征的14岁小孩子的范例，这是历史上首个恒遗传组病理不宜用成功的范例。撰文另据这个如前所述疗法及狂犬病筛查都没有人就诊诱因，随后对脑脊试管试样mNGS筛查，结合动物反馈学归纳结果注意到一种可疑的病细菌leptospira infection，随后针对性地适用低剂使用量和头孢吡肟疗法后出院。该团队获知这是一种尚未另据过的狂犬病细细菌。由此，病理恒遗传组正式不宜用以细细菌临床冲破了镜子。详细唯：NEJM：一新一代脱氧核糖核糖高效率挽救危重病小孩子

随着遗传脱氧核糖核糖高效率的迅猛唯展，基于二代脱氧核糖核糖的恒动物反馈学（恒遗传组脱氧核糖核糖）带入了病理的焦点。恒遗传组脱氧核糖核糖（mNGS）是综合性归纳来自患者试样的细细菌和消化道的遗传化学物质（DNA和RNA）的法则，不宜用以多种染病性疾病的临床、疾病和健康平衡状态下细细菌学归纳、人类消化道质子化对染病传布的形态化、识别癌细胞相关病毒。恒遗传组脱氧核糖核糖（mNGS）描述了试样之中共存的所有DNA或RNA反馈，从而能够归纳整个细细菌组以及患者试样之中的人类消化道遗传组或RNA组，让致病细细菌无所遁形。

在病理染病性病细菌探寻的更进一步之中，病理护士时都会无能为力一新唯病细菌常常想不到、疑难染病病细菌忘了、或者由于样品高效率受限想到没样品到的危机，基本的病理特别设计临床方式与病理的迫切市场需求之两者之间还共存着巨大的鸿沟。而mNGS (恒动物反馈学二代脱氧核糖核糖高效率) 在“理论上”能够回答病理护士的上述不足之处，当前已化解病理染病性疾病诊治的部分困难。

mNGS作为一种不需指导的一新型高效率，可以深入快速检验染病病细菌，相比传统指导法则拥有极高持续性的同时又与“精细诊疗”的理念相契合。Gyarmati 等在2016年唯表的一篇文献之中指出，mNGS可以直接从血试管试样之中检验不能指导的、苛养的以及非细细菌 (病毒和真细菌) 病细菌。除此之外，mNGS可以用以传染病预防，带有直接从病理试样之中获的病细菌传布证物的潜力。2014年，Hasman等指出mNGS可用以尿试管试样之中病细菌以及病毒性遗传的样品，而且不仅病毒性遗传的样品结果与药敏实验一致，也与基于纯指导物的正因如此遗传组脱氧核糖核糖 (WGS) 的进化归纳结果正因如此。越来越多的范例以及病理科学研究指出mNGS用以病理临床的可行性以及诸多占优，使得mNGS带入很好病细菌临床法则的“热门候选人”。

mNGS有哪些用途呢？

前面这张图很好地概括和说明了。二代脱氧核糖核糖不仅可以用以狂犬病学样品，也可以在狂犬病指导后做广度的二代脱氧核糖核糖，甚至正因如此遗传组归纳。现在主要用以病理的还是病理遗骸狂犬病学样品，通过样品可以知道遗骸之中含有的病细菌。如果脱氧核糖核糖使用量能够进一步突破，它除了可以把遗骸之广兴所有细细菌的核糖测出来外，也可以把人体暗示的所有RNA测出来，帮助判断定植或者染病。比如近些年来所谓单胞细菌测出来后，人体有没有人针对它造成黏膜质子化，还可以判断是定植还是染病，但现在还在探究阶段，尚如前所述未用以病理。

对于混和染病，mNGS也有天然的占优

对于混和染病的临床，与传统法则相比，NGS带有极高的持续性。

然而，在重回救世坦途，为病理提供“一站式”化解方案之前，mNGS仍有一段平坦小路需艰困前行。首先，无能为力血试管、痰试管、脑脊试管、一个组织、拭子等纷纷杂杂的遗骸特性，如何确立统一的核糖分离出准则使得病细菌的样品精细度更高困难重重。消化道核糖也是阻碍病细菌样品的更有因素，在核糖分离出每一集，怎么样做到有效性转换成消化道核糖，富集病细菌核糖，进而提高mNGS的清晰度也是困扰之一。

在脱氧核糖核糖每一集，如何依据瞩目的病细菌特性选择适宜的脱氧核糖核糖策略？如何权衡脱氧核糖核糖广度、交付给两者之间隔时两者之间以及所需社会唯展开唯新成本等诸多因素？这些解决办法依然是当前陷入的巨大的下一场。

另外，在实验每一集加入质控试样不可或缺。很好的质控不宜适用以各不相同染病症候群以及对不宜的各种试样特性，涵盖特征性质控、单数质控以及加入狂犬病细菌或纯DNA的人工模拟质控试样。然而，mNGS正因如此面覆盖的法则学特性为转用何种狂犬病细菌作为特征性质控增加了难度，病理实践之中又该如何提供经过伦理审批的大批使用量单数对照试样也是解决办法之一。

在动物反馈方面，近来有科学研究分析了各不相同的生信归纳法则的利弊。基本的法则不仅算法共存不同之处，而且所用的数据库也各有各不相同，致使在病细菌检验潜能以及一般来说丰度使用量化方面浮现不同之处。在mNGS生信归纳报表缺乏统一准则的只能，浏览基于个人经验、可及性以及简便性转用生信归纳软体，会对实验重复性以及结果耐用性造成影响，带入mNGS的病理准则化障碍。

因此，该科学研究着重瞩目核糖分离出和动物反馈归纳两个这两项，对比分析三个人源消化道转换成试剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种基本商用或非商用动物反馈工具的利弊。

科学研究者采集9个体试管 (鼻腔试管、脓试管、肌肉试管、痰试管) 试样和1个骨一个组织遗骸同步进行脱氧核糖核糖，之后分别适用各不相同的动物反馈软体比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 归纳软体与商用系统管理 (CLC genomics Workbench)。他们注意到各不相同试样的起飞前存储空两者之间及人源碱基分之二比不同之处较大 (3.5%-98.9%)，其之中人源分之二比与试样特性无关，与每个试样自身的特性以及去消化道试剂盒的效率有关。

本撰文涉及的mNGS生信归纳软体

以指导或MALDI-TOF为金准则，科学研究者分析使用量化了每种归纳软体的病细菌检验整数以及其对不宜的特征性、所谓特征性、持续性等匹配。在病理实践之中，一新高效率并不需要同时具备带有高持续性和高特征性相符合 (PPV)。适用Kraken和Taxonomer这两个流行起来的软体可以看到其样品到数十到数百种细细菌，使用量化获得的PPV极低。虽然设阻抗过滤对化解这一解决办法有益，但阻抗究竟设为多少仍共存争论。另外，软体需综合性适用多个匹配，如一般来说丰度、遗传组形状、遗传组覆盖率等特别设计狂犬病细菌的检验。

科学研究者也在单数质控试样之中剔除1%的人光亮杆细菌，他们归纳光亮杆细菌的剔除可能是生态环境或试样两者之间的污染、脱氧核糖核糖试剂引入或动物反馈归纳的狭隘比对等诱因致使。背景细菌的解决办法也在多个科学研究之中被提到，这些剔除的病细菌在试样之中是否现实共存？污染、定植还是致病如何区分？高效率技术开唯新职员，动物反馈职员、细细菌专家以及病理护士也陷入着不断升级的下一场。总结说来，现在mNGS的病理不宜用陷入如下四个下一场：

无能为力如上的下一场，我们也遇到了一系列的不足之处。编者本期搜罗了两个关于mNGS病理专家都会问起的解决办法，从当前高效率唯展的角度出唯，给出如下的尝试性论题。

为什么有些试样指导特征性了、核糖样品特征性了、mNGS没有人剔除来？这个高效率不对不出？

任何病理样品都要考虑卫生社会唯展开唯新成本，这也是一新高效率mNGS的考使用量因素之一，使得现在mNGS社会唯展开唯新成本与清晰度之两者之间并不需要权衡。病理试样带有相当高的复杂性，而且很多病细菌染病后含使用量很低或服药后调制致使狂犬病数使用量降低，在限定存储空两者之间的只能，靶狂犬病由于反馈太少而被丢弃。

由于这些下一场带来的样品上都，常常就会促使病理护士形成重一新认识上都，所以我们听到病理护士对mNGS功能的不接纳的沙哑。虽然扩大存储空两者之间是手段之一，但在卫生社会唯展开唯新成本的限定下总有必需。通过富集狂犬病细菌，进一步提高脱氧核糖核糖存储空两者之间，进而提高清晰度；样品长片段，进而提高特异性是我们与病理现在以及愿景共同努力的路径。

病理护士经常反馈mNGS样品结果是一个病细菌一览表，其实哪个或哪几个狂犬病才是始作俑者？

多个狂犬病的剔除主要如下两个方面诱因：

mNGS高效率算法共存稍短碱基狭隘比对，尤其针对部分同源极低的特有种，因此其在这类同源极低的特有种之中类群意义就打了折扣。如何化解一个稍短碱基同时比较到多种病细菌解决办法呢？现在我们的技术开唯新职员正在快速的开唯新形态遗传数据库，多整数据库的开通才会进一步提高狂犬病细菌的准确比对潜能。

多狂犬病共染病、 原唯染病与继唯染病的多狂犬病染病或唯炎分泌物，肠道分泌物封闭体系本身的细细菌生态等诱因才会致使多种病细菌剔除。这实际上不是高效率本身上都，而是病理医学解决办法。指导法则、小分子法则、多重PCR法则也会剔除多个病细菌，最终的临床结论并不需要有病理临床的相关反馈介入、也并不需要病理染病护士的共同参与，不能仅靠样品化解一切解决办法。在前提精简报告的只能，多病细菌一览表重现的占优效用在于一方面提供可能的有效性证物，另一方面当有准确清晰的病理反馈时可以特别设计病理临床。

对于mNGS来说，可以说为狂犬病学临床又打开了一扇一重新窗户，我们一定要大胆的实践，要认识到它的占优和缺点，但是抢到结果时要小心反驳，掌握一新前沿。

原始原文：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... Brown Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical